21. oktobra sta predsednik uprave in generalni direktor Krke ter predsednik Častnega odbora Krkinih nagrad Jože Colarič in dr. Aleš Rotar, član Krkine uprave, direktor Razvoja in proizvodnje zdravil ter predsednik Sveta Sklada Krkinih nagrad podelila Krkine nagrade za dodiplomska in podiplomska raziskovalna dela 31 mladim raziskovalcem, med njimi jih je 5 prejelo veliko Krkino nagrado. Krkina nagrajenka je tudi Tanja Zupan z njenim magistrskim delom, ki ga je opravljala kot študentka Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo.
Na Krkine nagrade se lahko prijavi vsak, ki pridobi pisno dovoljenje mentorjev in somentorjev. Tanja Zupan je 30. septembra uspešno zagovarjala njeno magistrsko nalogo z naslovom Vpliv kokaprina in makrocipina na biofilm listerije, ki jo je izdelala pod mentorstvom viš. znan. sod. dr. Jerice Sabotič in somentorstvom doc. dr. Gregorja Gunčarja na Institutu Jožef Stefan, Oddelek za biotehnologijo. Novopečena magistrice biokemije, ki sicer živi na Jelovem, se je z njeno magistrsko nalogo prijavila na Krkine nagrade.
"V nalogo je bilo vloženega veliko truda, odrekanja in ogromno ur preživetih v laboratoriju in za računalnikom. Zahvalila bi se viš. znan.sod. dr. Jerici Sabotič, dr. Niki Janežič, Aleksandru Sebastijanoviču in Petri Čotar, ki so mi omogočili izvedbo naloge in mi poleg družine tekom dela stali ob strani in bili vedno pripravljeni pomagati," je ob tem dejala Tanja Zupan.
O čem je pisala - zanimivo in predvsem razumljivo zlasti strokovnjakom s področja kemije
Kratek povzetek magistrske naloge:
Bakterije pogosto rastejo v obliki biofilma, ki jim omogoča rast na različnih površinah in ima pomembno vlogo pri preživetju bakterij v okolju. V biofilmu se bakterije obdajo z zunajceličnim matriksom, v katerem so pomemben sestavni del polisaharidi in različni encimi. Pri delu smo uporabili bakterije Listeria innocua, ki se pogosto uporabljajo kot modelni organizem za patogeno vrsto Listeria monocytogenes. Biofilmi listerije so običajno v literaturi opisani kot monoslojni, pri našem delu pa smo opazili, da tvori tudi dvosloj in večslojne strukture, podobne piramidam. Proteini iz gob predstavljajo razmeroma neraziskano skupino proteinov z edinstvenimi lastnostmi. Med njimi izstopajo inhibitorji peptidaz in lektini, med katerimi sta tudi kokaprin in makrocipin. Kokaprin (KKP1) je majhen protein, izoliran iz gobe Coprinopsis cinerea in deluje kot inhibitor cisteinskih in aspartatnih peptidaz ter lektin. Makrocipin (Mcp1) pa je inhibitor cisteinskih peptidaz iz gobe Macrolepiota procera. Želeli smo preveriti, kakšen vpliv imajo ti proteini na razvoj biofilma listerij. V bakterijskem ekspresijskem sistemu smo pripravili rekombinantne proteine Mcp1, KKP1 in štiri mutante KKP1 (KKP1-N22R, KKP1-D47R, KKP1-FH32EE, KKP1-G13E). Z merjenjem inhibitorne aktivnosti za encim papain smo potrdili inhibitorno aktivnost makrocipina, z encimoma papain in pepsin pa smo preverili inhibitorno aktivnost za KKP1 in njegove mutante. Med njimi je izstopal mutant KKP1-N22R, pri katerem smo uspešno spremenili reaktivno mesto za inhibicijo papaina. S tem smo nakazali, da ima kokaprin ločena mesta za inhibicijo cisteinskih in aspartatnih peptidaz. Z analizo nativne poliakrilamidne gelske elektroforeze smo pokazali, da se KKP1 in njegovi mutanti povezujejo v oligomere. Za preverjanje vpliva izoliranih proteinov iz gob na biofilm bakterije L. Innocua smo pripravili bakterije, ki so izražale reporterski protein DsRED Express. Ugotovili smo, da tako kokaprin kot makrocipin povzročita zmanjšano adhezijo bakterij na polistiren. Opazili smo tudi viden učinek kokaprina na razbijanje statičnega biofilma in učinek makrocipina na razbijanje dinamičnega biofilma. Na adhezijo bakterij na substrat in na razbijanje zrelega statičnega biofilma imajo močnejši vpliv od KKP1 tri njegovi mutanti KKP1-N22R, KKP1-FH32EE in KKP1-G13E. Ti spremenjeni aminokislinski ostanki se nahajajo na isti strani protein KKP1, zato sklepamo, da se tam nahaja mesto, ki je pomembno za vezavo KKP1 na bakterije L. innocua. Pokazali smo, da oba testirana proteina iz gob, makrocipin in kokaprin, različno vplivata na različne faze razvoja biofilma listerij.
"Na razpis za 52. Krkine nagrade se je prijavilo veliko mladih raziskovalcev s svojimi deli. V veliko čast in ponos mi je, da so v Skladu Krkinih nagrad prepoznali pomembnost in potencial moje naloge in mi podelili to izjemno nagrado," je svoja občutja opisala mlada strokovnjakinja s področja biokemije.
